抗生素使用不當的危害通常表現在以下幾個(gè)方面：（1）過(guò)敏反應（變態(tài)反應）。青霉素類(lèi)、磺胺類(lèi)、四環(huán)素類(lèi)和某些氨基糖苷類(lèi)藥物能使部分人群發(fā)生過(guò)敏反應，其中，以青霉素及其代謝產(chǎn)物引起的過(guò)敏反應最為常見(jiàn)，也最為嚴重。輕者引起皮膚瘙癢、皮炎和蕁麻疹，重者引起急性血管性水腫、休克甚至死亡。（2）慢性毒性作用。如磺胺類(lèi)藥物能破壞人的造血系統；氯霉素可導致嚴重的再生障礙性貧血，嬰幼兒和老年人的代謝和排泄機能尚不完善或已退化，對氯霉素最敏感，嬰兒可能出現致命的“灰嬰綜合癥”，此毒性使氯霉素成為第一個(gè)被禁止用于食品動(dòng)物的抗生素。（3）細菌產(chǎn)生耐藥性。一旦致病性強的細菌具有耐藥性，且造成對人的感染，病人將不易得到治療甚至出現無(wú)藥可醫的嚴重后果。近幾年“超級細菌”的發(fā)現已經(jīng)屢見(jiàn)不鮮。（4）破壞人體內微生物生態(tài)平衡。長(cháng)期食用含有抗生素殘留的動(dòng)物食品，會(huì )導致人體內微生物菌群的正常平衡被打破，體內有益微生物所具有的功能消失，而有害的微生物或其他病原體就容易侵入體內，造成疾病感染。最常見(jiàn)的是在腸胃中的有益微生物受到抑制，發(fā)生消化功能障礙。